Theo ông Lý Thanh Long, Chánh Thanh tra Sở Xây dựng TPHCM, hai sở đã thống nhất thẩm quyền và nội dung hậu kiểm sau khi cấp giấy phép xây dựng - vốn là nội dung chính dẫn đến vướng mắc trong thời gian qua. Về nguyên tắc, giấy phép xây dựng do quận, huyện cấp thì đội thanh tra địa bàn chịu trách nhiệm quản lý nên thẩm quyền xác nhận thuộc về đội thanh tra địa bàn. Còn nội dung, đối với từng công trình cụ thể thì đội thanh tra địa bàn phải xác nhận. Nếu công trình đảm bảo các quy định của pháp luật, như chất lượng công trình, mật độ xây dựng…, thì cấp giấy chứng nhận cho người dân. Sau đó sẽ có biên bản ký kết giữa hai sở và thông báo phổ biến xuống 24 quận huyện, Văn phòng Đăng ký đất đai, đội thanh tra xây dựng địa bàn để làm cơ sở pháp lý thực hiện thống nhất trên toàn TP.
Theo báo cáo của Sở Xây dựng, thời gian qua tại một số quận, huyện phát sinh tình trạng nhà xây dựng thực tế nhỏ hơn giấy phép xây dựng, nằm trong khu vực chưa có quy hoạch chi tiết 1/500. Tháng 3-2020, Sở Xây dựng có Văn bản số 2277/SXD-TT gửi các cơ quan chức năng nêu rõ, các loại công trình này nếu không làm thay đổi chỉ tiêu quy hoạch, kiến trúc theo giấy phép xây dựng được cấp, không ảnh hưởng đến kết cấu chịu lực công trình thì đề nghị cho phép cấp giấy chủ quyền. Đến thời điểm này, một số quận huyện vẫn căn cứ vào hướng dẫn của Sở Xây dựng cấp giấy cho người dân, tuy nhiên thực tế triển khai vẫn chưa có sự thống nhất, dẫn đến ách tắc trong thủ tục cấp giấy chủ quyền cho người dân.